Pregnenolon je adrenalni androgen koji je prethodnik svih steroidnih hormona. 

Određivanje koncentracije pregnenolona klinički je značajno u dijagnostici kongenitalne adrenalne hiperplazije (CAH) i hiperandrogenizma. CAH je skupina nasljednih poremećaja povezanih s nedostatkom enzima potrebnih za proizvodnju steroidnih hormona. Na CAH se sumnja kada dijete  ima dvosmislene vanjske spolne organe, znakove insuficijencije nadbubrežne žlijezde, prekomjerni gubitak natrija i tekućine ili nizak ili visok krvni tlak.

Uz kongenitalnu adrenalnu hiperplaziju, nedostatak enzima može uzrokovati smanjenje kortizola i/ili aldosterona i, u nekim slučajevima, povećanje ili smanjenje androgena. Nedostatak androgena, osim dvosmislenih genitalija, može utjecati na razvoj sekundarnih spolnih obilježja i muškaraca i žena u pubertetu.

Ako negdje u procesu proizvodnje steroidnih hormona postoji manjak enzima, vjerojatno će doći do povećanja ili smanjenja razine pregnenolona. Laboratorijskim se testovima mogu određivati pregnenolon, nekoliko srednjih prekursora i jedan ili više steroidnih hormona kako bi se utvrdio uzrok poremećaja. 

Kod nedostatka 3-beta-hidroksisteroid dehidrogenaze, pregnenolon, 17-hidroksipregnenolon i DHEA su tipično povišeni, a 17-OHP može biti povišen. Ako se mjere, razine kortizola i aldosterona vjerojatno će biti niske. Kod nedostatka 17-alfa-hidroksilaze, pregnenolon i progesteron mogu biti povišeni, zajedno s 11-deoksikortikosteronom.