Virus ljudske imunodeficijencije (HIV) je retrovirus koji uzrokuje sindrom stečene imunodeficijencije (engl. Acquired immunodeficiency syndrome, AIDS). Prenosi se krvlju, spolnim odnosom i sa zaražene majke na dijete tijekom trudnoće, porođaja ili dojenja. Razlikujemo HIV-1 i HIV-2 tip virusa. HIV-1 je rašireniji i najčešći uzročnik AIDS-a, dok je HIV-2 prisutan u određenim dijelovima svijeta, kod inficiranih osoba je prisutan u nižim razinama i slabije se prenosi. Uz dva glavna tipa virusa, postoji još niz podtipova. 

HIV djeluje na više komponenti imunosnog sustava, a najznačajniji je ulazak u CD4-T limfocite i makrofage. CD4-T limfociti imaju važnu ulogu u specifičnoj obrani organizma i aktivnosti drugih stanica imunosnog sustava. U akutnoj infekciji zaražena osoba ne mora imati simptome. Može se javiti povišena tjelesna temperatura, povećani limfni čvorovi i grlobolja, simptomi koji se često pripisuju drugim virusnim bolestima. Kako infekcija napreduje, dolazi do gubitka CD4 T-limfocita i smanjene funkcije imunosnog sustava. Kronična infekcija može trajati 3-20 godina. Kod osoba koje se ne liječe brže dolazi do krajnjeg stadija infekcije tj. AIDS-a zbog propadanja imunosnog sustava i nedovoljnog broja CD4 T-limfocita. Kod osoba s AIDS-om javljaju se brojne infekcije i reinfekcije koje inače nisu opasne kod zdravih osoba, također mogu dovesti do razvoja malignih bolesti.

Kod umnažanja virusnih čestica dolazi do grešaka koje rezultiraju nastankom novih populacija virusa koje mogu biti otporne na primijenjenu terapiju. 

HIV-RNA je prisutna u manjoj neposredno nakon infekcije, a nakon otprilike 10 dana se može detektirati u krvi. Infekcija HIV-om se može potvrditi detekcijom RNA, u slučaju negativnog ili neodredivog Western blot testa potrebno je odrediti HIV-RNA metodom PCR.

Kvantitativno određivanje HIV-RNA se koristi uz broj CD4 limfocita za praćenje odgovora na terapiju.