Clostridium difficile anaerobna je bakterija prisutna u gastrointestinalnom traktu. Kod zdravih ljudi ne izaziva nikakve simptome, ali može postati patogena nakon neravnoteže u gastrointestinalnoj flori (npr. antibiotska terapija) uslijed čega se pojavljuje bakterijski soj koji izlučuje toksine. Samo su ti toksigeni sojevi patogeni i u bolničkim uvjetima zahtijevaju mjere izolacije bolesnika. Spektar infekcija C. difficile koje izlučuju toksine je širok: od jednostavnog proljeva do pseudomembranoznog kolitisa.

Toksigeni sojevi C. difficile nose gene koji kodiraju toksine koji igraju glavnu ulogu u virulenciji soja: toksin A (enterotoksin) i toksin B (citotoksin). Toksini A i B proizvode se istovremeno, ali manji broj toksigenih sojeva proizvodi samo jedan toksin. 

Metode biološke dijagnoze infekcije ovom bakterijom temelje se na 2 kategorije testova: identificiranje bakterije ili toksina. Ovim se testom detektiraju toksini A i B u uzorku stolice.

U kontekstu kliničke sumnje na infekciju C. difficile, prvo je indicirano traženje GDH (glutamat dehidrogenaza) +/- slobodnih toksina. Kada je GDH test pozitivan, ali su slobodni toksini negativni, geni za toksine mogu se testirati PCR-om kao testom druge linije.